對于一些經濟不發達地區的醫院，醫療機構污水處理可能會采用簡易生化處理作為過渡處理措施，之后再逐步實現二級處理或加強處理效果的一級處理。

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醫療機構污水處理主要包括以下幾種方法：
生物氧化法，也稱為活性污泥法。這是各種污水處理較為常用的傳統處理方法。利用鼓風曝氣、機械曝氣等方式，使污水中大量的絲狀菌和真菌等微生物繁殖，這些微生物具有吸附和氧化污水中有害物質的能力，從而降低污水的COD和BOD，使污水達到凈化的效果。有些污水處理廠采用厭氧和好氧并用的方法，即在厭氧過程中，厭氧微生物繁殖、硝化和吸附水中有害物質。但此方法會產生大量的活性污泥，且要進行污泥處理，加長了處理流程，增加工程費用。常用的生物氧化法有生物接觸氧化法、生物轉盤法、塔式生物濾池法、射流曝氣法和氧化溝法等。
化學藥劑法：就是向污水中投人適量的化學藥劑，使污水中有害物質氧化，達到凝聚吸附沉淀。常用的化學藥劑有液氯和次氯酸鈉溶液。液氯的投加設備結構復雜，易被腐蝕，危險性較大，因而在城市或人口過于集中的區域被限制使用；次氯酸鈉溶液是一種原始的消毒處理方法之一。